甲基化晶片分析是一種研究基因組DNA甲基化狀態的高通量技術，廣泛套用於表觀遺傳學研究。DNA甲基化是表觀遺傳修飾的一種重要形式，對基因的表達和功能起著調控作用。甲基化晶片能檢測基因組範圍內的DNA甲基化水平，常用的晶片包括Affymetrix和Illumina兩種類型。
甲基化晶片的數據預處理包括質量控制、背景校正、歸一化等步驟。數據預處理之後，可以進行甲基化晶片數據的分析，包括差異甲基化位點的鑑定、甲基化區域的富集分析等。例如，通過科學計算語言如Python或R，使用相應的統計測試（如t檢驗）來比較不同樣本（如病例組和對照組）之間的甲基化水平差異。
以Illumina的450K晶片為例，其採用Infinium I和Infinium II兩種技術進行甲基化水平的測定。Infinium I技術使用兩種bead（甲基化和非甲基化），而Infinium II技術則使用一種bead。通過計算甲基化和非甲基化位點的螢光信號比例，可以確定某位點的甲基化水平（Beta值）。
除了甲基化晶片，還存在其他甲基化檢測技術，如全基因組甲基化測序（WGBS）、簡化亞硫酸氫鹽測序技術（RRBS）。這些技術各有優缺點，適用於不同的研究需求和樣本類型。例如，WGBS提供高解析度的甲基化數據，但成本較高；RRBS則在降低成本的同時保持了較好的解析度，適用於對特定區域的研究。
總之，甲基化晶片分析是一種強大的工具，能夠幫助研究者了解DNA甲基化的全局模式和其在特定生物學過程中的作用。通過結合不同的分析技術和生物信息學方法，可以更深入地探索DNA甲基化的功能和意義。