要申請留抵稅額退稅，首先需要完成增值稅申報，然後在電子稅務局進入退稅申請界面，系統會預填數據，需要核對並調整相關信息。可以通過以下三種方式進入申請退稅界面：
增值稅申報完成後，點擊申報查詢結果，選擇符合條件的立即申請留抵退稅，進入操作界面。
在首頁搜尋欄中搜尋留抵退稅，選擇退抵稅費申請進入。
通過功能分類查找首頁「我要辦稅」一般退抵稅管理，選擇退抵稅費申請，進入增值稅制度性留抵退稅界面。
接著，在企業經營情況中填寫營業收入及資產總額，系統會自動進行企業類型劃分。如果企業被劃分為微型企業，可以選擇辦理存量和增量留抵退稅。在申請退稅情況中選擇是否享受過2019年4月1日起的即征即退、先征後返政策，然後提交申請。
此外，還需要滿足一些條件才能申請留抵稅額退稅，自2019年4月1日起試行增值稅期末留抵稅額退稅制度。納稅人需要滿足以下條件：
連續六個月（按季納稅的為連續兩個季度）增量留抵稅額均大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元。
納稅信用等級為A級或B級。
申請退稅前36個月內未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票的情形。
申請退稅前36個月內未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上。
自2019年4月1日起未享受即征即退、先征後返（退）政策。