面對留抵稅額過多的問題，可以採取以下幾種方法來處理：
申請留抵退稅。製造業等行業的企業可以申請一次性退還存量留抵稅額，並按月全額退還增量留抵稅額。但需要注意的是，退稅過程可能會受到稅局的嚴格監控和審查。
合理調整銷售策略。可以通過調整銷售價格、增加銷售渠道和市場份額、利用電商平臺進行網絡銷售、增加產品類型和服務內容、多元化經營等方式來增加銷售收入，從而減少留抵稅額。
優化稅制。通過調整增值稅稅率結構，減少稅率檔次和縮小稅率差距，避免留抵稅額的形成。例如，減少稅率檔次，縮小稅率差距，將適用低稅率的貨物與勞務控制到最小範圍，對稅負過低甚至出現大量留抵稅額的服務業，調整爲按基本稅率徵稅。
利用稅收優惠政策。積極尋找和利用稅務優惠政策，減輕企業負擔。
向稅務機關提交退稅申請。符合條件的納稅人可以向主管稅務機關提交《退（抵）稅申請表》，通過辦稅服務廳或電子稅務局提交。