番茄育苗首先需要準備好育苗穴盤、適量的育苗基質、催芽好的種子，把基質澆入適量的水，使它的含水率大概在百分之六十左右，然後填充基質到穴盤裏面，接下來進行一穴一顆種子播種，種子的胚根朝下，播種完種子以後，給它表面鋪上一層珍珠岩，起到保水透氣的作用，之後給它澆透水，把穴盤放到溫室裏面，等待種子的子葉展開即可。
此外，還需注意適宜生長溫度爲15到25度，每天需要8到10小時的光照，避免暴曬，出苗後2到5天需要拿掉保鮮膜，土表3公分左右下面的土幹了就要澆水，澆水需澆在托盤裏，讓水從穴盤底部滲上去，有利於根系生長等。