病假工資的扣除方式取決於員工的工作年限和病假時長。具體來說：
短期病假（6個月以內）。如果員工連續工齡不滿2年，病假工資按本人工資的60%計發；如果連續工齡滿2年不滿4年，病假工資按70%計發；連續工齡滿4年不滿6年，按80%計發；連續工齡滿6年不滿8年，按90%計發；連續工齡滿8年及以上，按100%計發。
長期病假（連續休假超過6個月）。如果連續工齡不滿1年，疾病救濟費按本人工資的40%計發；連續工齡滿1年不滿3年，按50%計發；連續工齡滿3年及以上，按60%計發。
此外，根據《北京市工資支付規定》，病假工資支付比例還應不低於當地最低工資標準的80%。具體扣除比例和疾病救濟費的計算方式可能因地區而異，建議諮詢當地的人力資源和社會保障部門以獲取準確信息。