發票印花稅的計算方法主要取決於應納稅憑證的性質和金額。具體來說，印花稅以應納稅憑證記載的金額、費用、收入額和憑證的件數爲計稅依據，按照適用稅率或者稅額標準計算應納稅額。納稅額計算公式如下：
應納數額=應納稅憑證記載的金額（費用、收入額）×適用稅率
應納稅額=應納稅憑證的件數×適用稅額標準
此外，根據國務院的專門規定，股份制企業向社會公開發行的股票，因買賣、繼承、贈與所書立的股權轉讓書據，應當按照書據書立的時候證券市場當日實際成交價格計算的金額，由出讓方按照1‰的稅率繳納印花稅。具體的稅目和稅率標準可以參考《印花稅稅目、稅率(稅額標準)表》。對於無法計算金額的憑證，或雖載有金額，但作爲計稅依據不合理的憑證，採用定額稅率，以件爲單位繳納一定數額的稅款。例如，權利、許可證照、營業賬簿中的其他賬簿，均爲按件貼花，單位稅額爲每件5元。