百香果的修剪方法根據其生長階段不同而有所區別，主要包括幼苗期修剪、生長期修剪、果期修剪和冬季修剪。各階段的修剪方法如下：
幼苗期修剪。在定植成活後，及時剪除多餘的側枝，當主蔓長到約1m時，剪除多餘的側蔓，長到2m左右時，剪除側蔓的頂芽，以促進養分集中。
生長期修剪。在肥水充足、光照合理的條件下進行，剪除密不透風的枝蔓、枯蔓和衰弱枝蔓，並對粗壯枝蔓進行梳剪處理，以避免養分消耗。
果期修剪。在果實成熟採收後，對每個側蔓進行短截處理，保留主蔓上3至4個側蔓即可，以促進新蔓的萌發生長。夏季還需剪除向下生長的側蔓，以促進二次開花結果。
冬季修剪。在最後一次採收後進行，剪除50cm長的枝蔓和纏繞在支架上的捲曲枝蔓，保留新枝上的1至2個芽眼，以促進新枝生長。
此外，百香果是蔓生植物，需要依賴棚架生長。在植株恢復生長後，定期抹芽以促進主蔓的生長和粗壯。主蔓上架後，需牽引側蔓形成螺旋狀生長，並在側蔓滿架後進行斷頂綁紮。每年夏季需疏剪過密的枝條，保持通風良好。