益生菌的發酵過程主要包括以下幾個步驟：
原材料選擇：選擇優質的原材料，如乳清蛋白、酪蛋白、葡萄糖等，作爲益生菌發酵的基礎材料。
接種菌種：根據不同的益生菌品種，選擇適當的菌種，並進行接種。在接種前，需要做好菌種的復甦工作，在保證菌種純度的同時，增強其生長能力。
發酵條件：益生菌發酵需要保持適宜的環境，包括適宜的溫度、溼度、通風等條件。一般來說，益生菌的適宜發酵溫度在37℃左右，適宜溼度爲60%～70%。
發酵時間：益生菌發酵時間的長短會影響益生菌的數量和活性。一般來說，益生菌發酵需要持續12～48小時不等，具體時間根據不同的益生菌品種和發酵工藝而定。
篩選、成型、保鮮：在益生菌發酵結束後，需要對發酵液進行一定的處理，如篩選、成型、保鮮等，以保證產品質量和食品安全。
此外，發酵過程中還需要提供營養物質，如葡萄糖、大豆多肽、酪蛋白水解物等，以滿足菌種生長的全部需求。同時，還需要對發酵條件（如溫度、時間、接種量、複合菌種接種比例、乳固體質量分數等）進行優化，以適應不同菌種的發酵特性。