製作益生菌的方法有很多種，主要包括以下幾種常見方式：
傳統固體表面發酵法。這種方法首先選擇優良的菌種，然後在適當的培養基中進行培養，培養後通過分離技術將所需的菌群從培養基中分離出來，並進行純化處理，去除雜菌和不需要的微生物。純化後的菌株可以通過冷凍或冷凍乾燥保存。最後，可以將菌株製成口服固體或液體製劑，如膠囊或飲料。
液體發酵法。這種方法包括將益生菌菌株接種到培養基中，進行擴大培養，直至達到足夠的體積和細菌濃度，接著進行發酵培養，直至菌株在發酵罐中繁殖到目標濃度，然後通過離心濃縮和冷凍乾燥等步驟製成粉末或膠囊。
自製優酪乳或酸菜法。這種方法是利用優酪乳或酸菜作為基底，通過添加益生菌菌種進行發酵，自製優酪乳可以在家中進行，而自製酸菜則更多是在食品加工中進行。
果蔬發酵法。這種方法是將益生菌與果蔬混合進行發酵，製作成果蔬酵素粉末。
這些方法各有特點，適用於不同的生產需求和個人製作。在生產過程中，需要嚴格控制溫度、濕度、時間等多個參數，以確保菌株的純度和活性。