清洗石英比色皿時應遵循的原則是使用不會損壞比色皿且不影響測量的清洗方法。可以根據比色皿的污垢程度和實驗要求，選擇以下幾種清洗方法：
水清洗。將比色皿浸泡在溫水中，用軟刷輕輕刷洗，然後用清水沖洗乾淨。
稀酸清洗。適用於清除不易用水清洗的污漬。將比色皿浸泡在稀酸中，稍後用清水沖洗。
去離子水清洗。適合對純度要求較高的實驗。將比色皿放入去離子水中清洗，然後用乾淨的去離子水沖洗。
混合溶液清洗。如硝酸與過氧化氫（5:1）的混合溶液，適用於較頑固的污漬。
特定溶劑清洗。例如乙醚和無水乙醇的混合液（各50%），或使用專用洗液，但需注意清洗時間不宜過長。
超聲波清洗。對於難以清洗的污漬，可以使用超聲波清洗機，將比色皿毛面朝下放置。
清洗時還需注意以下幾點：
避免使用可能損害比色皿的清潔劑，如洗潔精等。
清洗後，不要刻意擦乾比色皿，而是讓其自然揮幹。
避免使用可能對比色皿造成損害的清洗方法，如長時間浸泡在強酸強鹼中。