石蜂糖的製作方法主要包括以下幾個步驟：
原料準備。選用雲南高山甘蔗作為主要原料，這種甘蔗因生長在低緯度、高海拔、降水豐沛、日照長、晝夜溫差大的地理環境中，其品質優於其他產地的原料。
甘蔗處理。首先將甘蔗大火開泡30分鐘，然後小火撇泡20分鐘，最後猛火擠泡20分鐘。
加入配料。經過上述處理後，依次加入羅漢果、菊花、蜂蜜、小蘇打等配料，不斷攪拌並熬至濃稠。
慢熬與發酵。在低溫下慢熬30分鐘，以保證原材料的營養成分得到更好地保留。然後將濃稠的混合汁加入菌種進行發酵，大約發酵三天，產生氣泡變得蓬鬆。
凝固成形。熬煮以去掉多餘的水分，使石蜂糖凝固成形。冷卻後敲成小塊狀即完成生產。
此外，石蜂糖也可以用於製作多種美食，如石蜂糖燕麥粥、石蜂糖果仁餅乾、石蜂糖葡萄柚沙拉、石蜂糖香蕉蛋糕和石蜂糖檸檬水等。也可以與燕窩一起燉煮，製作石蜂糖燕窩。