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硃砂確實具有一定的毒性。它是一種無機汞的化合物，正常溫度下不會分解毒素，但經過高溫加熱後，會析出一種有毒的汞蒸氣，高濃度的汞會抑制各種酶的活性，導致機體發生代謝障礙而中毒，症狀輕者會噁心、嘔吐、肚子痛、拉肚子，嚴重的會使消化道穿孔，甚至會導致中毒死亡。
不過，硃砂在沒有變成氣態汞或液態汞之前對人體無害，且硃砂飾品長期佩戴的過程中還可以起到解毒殺菌的作用，因此只要遠離明火或高溫環境，平時是可以佩戴的。
此外，硃砂還是一味中藥，具有清心、鎮驚、安神的作用，可用來治療心火亢盛引起的心悸、失眠、多夢，以及小兒驚風、癲狂等精神系統異常症狀。但服用硃砂一定要嚴格遵照醫囑，以免對身體造成損害。