硃砂的炮製方法主要是水飛法。具體操作步驟如下：
淨制：首先使用磁鐵吸去硃砂中的鐵屑，以去除雜質。
切制：將淨制後的硃砂研成細粉，置於乳缽內，加適量清水研磨成糊狀。
炮製：加入多量清水攪拌，傾取混懸液，下沉的粗粉再按上述方法反覆操作多次，直至手捻細膩且無亮星為止。然後棄去雜質，合併混懸液，靜置後傾去上層的清水，取沉澱晾乾，再研細即可。
此外，還有一種現代炮製方法，即在研磨成細粉後，60℃以下烘乾，並過200目篩。
需要注意的是，硃砂含有硫化汞(HgS)，遇火則可能析出水銀，具有毒性。因此，炮製過程中應避免高溫處理。