硫酸錳具有毒性，通過吸入、攝入或經皮吸收都可能對人體造成危害。它對環境有危害，可能對水體造成污染。長期吸入硫酸錳的粉塵可能會導致慢性錳中毒，早期症狀以神經衰弱症候群和神經功能障礙為主，晚期可能出現震顫痳痺症候群。此外，硫酸錳還可能導致神經系統錐體外束的損害，引起錳中毒，重度情況下可能出現精神病的症狀。人體吸入一定量的硫酸錳（5-10g）甚至可能致人死亡。
在醫療方面，硫酸錳可以與重金屬發生反應，生成難以吸收的沉澱物，可能會隨著糞便排出體外，使患者出現便秘、消化道出血等症狀。硫酸錳在治療過程中可能會刺激胃腸道黏膜，出現噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道症狀，通常在停藥後症狀會逐漸消失。此外，由於重金屬具有一定的毒性，可能會損傷肝腎，造成機體出現肝腎功能受損的情況。