碘化丙啶（Propidium Iodide，簡稱PI）是一種核酸染料，其染色原理如下：
PI與DNA的結合。PI通過嵌入DNA的鹼基對之間，與其結合。這種結合很少或沒有序列偏好，允許PI廣泛地與DNA結合。當PI與DNA結合後，其量子產率提高了20~30倍，螢光激發和發射最大值分別移至535nm和617nm。
PI的膜穿透性。PI本身不能透過完整的細胞膜，但它能夠穿過凋亡中晚期細胞和死細胞的破損膜，使細胞核染紅。這種特性使得PI成為區分壞死、凋亡和健康細胞的工具。
PI的套用。PI廣泛用於流式細胞儀中作為DNA染色劑，評估細胞活力或DNA含量。它在細胞周期分析、顯微鏡下觀察細胞核和其他含DNA的細胞器時非常有用。此外，PI還與RNA結合，因此在進行某些實驗時，需要用核酸酶處理以區分RNA和DNA染色。
綜上所述，碘化丙啶（PI）通過其與DNA的特殊結合方式和透過破損細胞膜的能力，在細胞生物學和流式細胞儀分析中發揮著關鍵作用。