磷肥利用率低的原因主要包括以下幾點：
土壤性質的影響。土壤的酸鹼度、氧化還原狀態和質地都會影響磷肥的利用率。例如，在酸性土壤中，磷酸根離子易與鐵、鋁離子結合形成沉澱；而在鹼性土壤中，磷肥易形成磷酸鹽沉澱，這些都會降低磷肥的有效性。
土壤含磷量。土壤中已有的磷化合物含量會影響磷肥的利用率。當土壤中磷化合物含量較高時，會與施入的磷肥產生競爭吸附，降低其利用率。
施肥方式和時間。不當的施肥方法，如表面撒施、過量施肥或施肥時期不當（如作物生長早期或後期施用），都會導致磷肥利用率下降。
氣候條件。降雨量、氣溫和日照等因素也會影響磷肥利用率。多雨季節土壤中的磷易流失，而乾旱季節磷肥難以溶解和吸收。
土壤微生物的作用。一些微生物可能分解有機磷，將其轉化為無機磷，提高磷肥利用率，而另一些微生物則可能與作物競爭磷素，降低利用率。
環境因素。如地形、水文條件等也可能影響磷肥利用率。
磷肥的物理性質。如磷肥的顆粒大小、形態等也會影響其被土壤吸附的速度和程度，進而影響利用率。
為了提高磷肥的利用率，可以採取一些措施，如深施磷肥、與有機肥混合施用、選擇合適的施肥時期和方法等。