祝由十三科是古代中國的一種醫療方法和體系。
祝由十三科也被稱為祝由科，是古代醫術的一種流派，其核心思想是通過祝說病由，即通過符咒、禁禳、意念、暗示等非藥物和非針灸的方法來治療疾病。這一流派可以追溯到遠古時代，當醫療條件有限時，人們嘗試通過與自然和宇宙力量的溝通來治癒疾病。祝由十三科在元代和明代被正式納入官方醫學體系，作為官方化的巫醫手段，其在民間有廣泛的套用和實踐。
祝由十三科包含了大方脈科、諸風科、胎產科、眼目科、小兒科、口齒科、痘疹科、傷寒科、耳鼻科、瘡腫科、金鏃科、書禁科、砭針科等十三科，各科主治不同的疾病。儘管祝由科在傳統醫學中地位有限，但它仍在民間流傳，並被一些人實踐和套用。