神奇寶貝卡遊戲的玩法主要包括以下幾個步驟：
組建卡組。玩家首先需要構建一箇包含寶可夢卡、能量卡和訓練卡的三類卡組，寶可夢卡是遊戲的基礎，分爲基本寶可夢卡和進化卡，能量卡爲寶可夢提供攻擊所需的能量，訓練卡則提供各種輔助效果，如回覆生命值或提高攻擊力。
遊戲準備。遊戲開始時，雙方玩家各抽六張卡作爲獎品牌，並放置一隻初始寶可夢在場上，玩家也可以選擇使用硬幣來判斷先後手。
遊戲回合。每個回合分爲抽卡、準備、作戰和回合結束四個階段，在抽卡階段，雙方各抽一張卡。準備階段，玩家可以進行派寶可夢、進化、使用訓練卡等操作。作戰階段，玩家使用寶可夢卡攻擊對手的寶可夢，比較寶可夢的攻擊力和防禦力，決定是否造成傷害。如果玩家的寶可夢被擊敗或無法進行更多操作，則回合結束。
勝利條件。遊戲的勝利條件包括：一方玩家沒有任何寶可夢可以參戰；一方的獎品牌已經用完；或者輪到某方從套牌中抽卡時無卡可抽。
此外，玩家還可以使用場地卡片來增加遊戲的策略性和互動性，場地卡片包含獎勵區、前場和後場等區域，幫助玩家更好地管理和策略佈局。