神奇寶貝的食物種類豐富，包括：
樹果。許多草食系神奇寶貝以樹果爲食，樹果不僅富含氨基酸、維生素等營養成分，而且容易獲取。
樹汁。一些蟲系神奇寶貝喜歡吸食樹汁，這有助於他們補充能量。
土。例如由基拉就以喫土爲生，野生的由基拉通常誕生在大地的深處，會喫掉一座大山重量的泥土。
電力。小磁怪等電氣系神奇寶貝會吸收電力作爲食物。
人類的食物。一些神奇寶貝偶爾也會跟隨主人喫人類的食物，如龍蝦、拉麪、米飯等。
夢境。一些特殊神奇寶貝，如耿鬼，可以食用人類的夢境。
隕石。生活在臭氧層的裂空座會吞食隕石來補充能量。
靈魂。幽靈系的神奇寶貝如耿鬼可以吸收人類的靈魂。
此外，神奇寶貝的食物還包括一些特殊飼料和能量方塊等。