神曲的炮製方法主要包括以下幾種：
傳統發酵法。將杏仁、赤小豆等研磨成粉與麵粉混合，再將鮮青蒿、鮮蒼耳和鮮辣蓼用水煎煮，將湯液加入混合物中，製成扁方塊，用粗紙包裹後放入木箱或席簍內，保持適宜的溫度進行自然發酵，待表面生出黃白色菌絲後取出，切成小塊乾燥。
麩炒神曲。先將麥麩皮撒於熱鍋中，待煙起，將神曲小塊倒入鍋內，翻炒至表面呈棕黃色並有焦香氣逸出，然後取出篩去麩皮放涼。
焦六神曲。將神曲置鍋中，用高溫炒至表面焦褐色，有焦香氣外逸，然後取出放涼。
炭制六神曲。將神曲炒至外焦黑內焦黃，具有回乳功效。
這些方法不僅改變了神曲的物理形態，還增強了其特定的藥效，如健胃理脾、增強消化作用等。