種子休眠是指具有活力的種子在預定的時間內，在正常且有利於萌發的環境條件下，仍然不能萌發的一種生物現象。
種子休眠可以分為兩種類型，一種是生理休眠，即種子本身未完成生理成熟或存在發芽的障礙，儘管給予了適宜的發芽條件，仍然不能萌發；另一種是被迫休眠，即種子已具有發芽能力，但由於缺少萌發所必需的外界條件，如適宜的溫度、水分和氧氣等，而被迫處於靜止狀態。種子休眠是植物在長期系統發育過程中形成的一種適應性，有助於種子避開不利的環境條件，如乾旱、酷暑、嚴寒等，從而保護種質延續。例如，在高溫多雨地區，某些種子的休眠特性可以防止穗發芽；在沙漠地區，某些植物的種子可以通過休眠狀態度過乾旱季節。