章太炎是清末民初著名的愛國主義者和激進的民族主義者，具有強烈的反清意識。他對西方的了解與認識相當模糊，對帝國主義的認識不清，但他的反帝思想被喚醒。他強調基於中國歷史與現實來思考制度建設與法律建設，避免食洋不化而與中國實際脫節。他著重汲取中國古代政治實踐中平等與公平的歷史遺產，體現「以百姓之心為心」，希望中國文化傳統能在世變之下凝聚中國人的政治認同。
章太炎的哲學思想主要體現在他的自然觀與認識論上。在自然觀上，他認定所謂「天」實際上是各種天體及其運動，反對「以天為帝」的宗教創世說。他還認為物質性的「以太」是宇宙萬物的始基。在認識論上，他認為人的精神是人體固有的特徵，精神不能離開人體而獨立存在。
章太炎也是中國傳統學術走向現代化的領軍人物。他對清代學術的總結與反思，集中體現在《訄書·清儒》篇中。他廣覽西藉，兼明印度、日本學術，充分吸收了世界各民族文化高峰期的思想精神。因此，《訄書》既是對中國傳統文化的全面考覈，也是立足世界文化視野的、對中國現代文化建設的深入思索。