製作米麴黴的過程主要包括以下步驟：
原料準備。選擇淺色大米（如壽司米或泰國香米），浸泡過夜至手可以捏碎的程度，然後瀝乾水分，這一步驟非常重要。
蒸煮。使用蒸籠布包裹大米，用蒸鍋大火蒸至米心熟透。
降溫與鋪平。將蒸熟的米平鋪在無水無油的乾淨容器中，用乾淨的工具翻拌降溫至35~40°C，然後將米糰鋪平，注意不要鋪得太厚，控制在3厘米以內。
接種米麴黴菌。撒上適量的米麴黴菌並拌勻，米麴黴菌可以是市售的，也可以是自製的。自製米麴黴菌需要確保來源可靠，以避免使用有害的黴菌。
發酵。蓋上乾淨透氣的布或毛巾，在米糰中間插入電子溫度計監控發酵溫度，不超過45°C。將整盤放入溫度保持在30~35°C的環境中讓黴菌生長24小時。若溫度超過45°C，需翻拌降溫，因為高溫會導致米麴黴死亡。繼續放在恆溫環境中發酵24~36小時，檢查白色菌絲是否發育良好，若整個米糰都被菌絲均勻包裹，即可停止發酵。
保存。將發酵好的米麴黴切塊並封裝冷藏保存，可以保存1年以上。