約拿的神蹟主要有以下幾點含義：
預表主的死而復活：約拿在大魚肚腹中的經歷，豫表主耶穌爲我們受死並埋葬，曾經降在地底下，逗留在陰間。
舊約的預表：約拿的神蹟是主耶穌三日三夜埋在墳墓裏以後又復活的最主要的舊約預表。
邪惡淫亂的世代的神蹟：耶穌提及約拿的神蹟，是因爲法利賽人“不能分辨神蹟”。在法利賽人眼裏，他們認爲“天上”發生個什麼發紅發黑，狂風駭浪的那才叫做神蹟。而耶穌說：“一箇邪惡淫亂的世代求神蹟，除了約拿的神蹟以外，再沒有神蹟給他看。”這裏耶穌強調的是：邪惡淫亂的世代，除了約拿的神蹟沒有別的神蹟。
以上就是約拿的神蹟的主要含義。