紅曲發酵過程主要包括以下步驟：
浸泡。選擇新鮮糯米，用清水浸泡一夜，以吸收足夠水分。
蒸煮。將浸泡好的糯米蒸煮40分鐘，直至熟透。
冷卻與接種。將蒸好的糯米攤涼至常溫，然後加入黃酒麴（作為發酵劑）並翻拌均勻。
糖化。在糯米中挖空成「酒窩」，蓋上保鮮膜，讓其糖化兩天。
加入紅曲米。將紅曲米加入40度溫水中活化後，與糯米和適量涼開水混合，翻拌均勻。
發酵。進行密封發酵，注意溫度控制，天冷時需保溫。發酵過程中，每隔一段時間需攪拌一次，以促進均勻發酵。
靜置與分離。發酵結束後，將酒液靜置，使雜質沉澱。
烘乾與成品。酒液靜置後變得清澈，此時紅曲發酵完成，可進行烘乾處理，得到成品紅曲。
整個過程需要嚴格控制溫度、濕度和時間，以確保紅曲的質量和風味。