紅曲的製作方法有多種，這裡介紹幾種傳統方法：
基礎製作方法。選擇優質的陳米或粳米，先浸泡12小時，然後蒸熟。待米冷卻至約40度時，加入曲種（由多種藥材和蒸熟的米飯混合發酵製成），攪拌均勻後放入籮里。在溫室條件下覆蓋發酵12小時，之後在地面上散開降溫，重複此過程三次。
傳統客家製作法。將選好的米浸泡後蒸熟，然後倒入特製的工具中，加水補充水分並攪拌均勻。再次蒸熟後，將米倒回原處，攪拌降溫至40度左右。加入曲種後攪拌均勻，倒入籮中進行發酵。
古代方法。使用暗紅色的紅土挖坑，鋪上草蓆後倒入米，壓上重石。讓紅曲真菌在米中發酵，直至米粒外皮呈紫色，心部變紅，表示發酵完成。
福建傳統製法。包括洗米、蒸飯、攤飯、拌曲、入曲房培養、堆積、平攤、浸曲、堆積、翻拌等步驟。
簡易家庭製作法。用圓糯米浸泡後蒸熟，攤開放涼至30度。加入搗碎的九曲和適量純淨水或涼白開，攪拌均勻後放入酒缸中發酵約15天。
這些方法各有特點，可以根據具體條件和需求選擇適合的製作方式。