細菌的形狀主要有以下三種：
球菌：球菌呈球形或近似球形，直徑約1微米。根據細菌分裂的平面不同以及菌體分離程度的差異，又分為雙球菌、鏈球菌、葡萄球菌、四聯球菌和八疊球菌等。例如，雙球菌兩個菌體成雙排列，鏈球菌許多菌體粘連成鏈狀，葡萄球菌許多菌體無規律地堆積似一串葡萄。
桿菌：桿菌呈桿狀或球桿狀，直徑和球菌的直徑都在1微米左右（0.5-5.0微米）。桿菌的形狀多樣，有的桿菌可排列成鏈狀，如炭疽芽胞桿菌；有的呈分支狀，如結核分枝桿菌；有的呈「八」字或柵欄狀，如白喉棒狀桿菌。
螺旋菌：螺旋菌菌體彎曲呈螺形，包括弧菌和螺菌等。弧菌只有一個彎曲，呈弧狀或逗點狀，如霍亂弧菌。螺菌和螺旋體有數個彎曲，如鼠咬熱螺菌。
此外，還有一些特殊的形狀，如放線菌的菌絲狀生長，鏈黴菌的孢子絲形態多樣，有直、鈎狀、螺旋狀等。