綜合所得的計算主要包括以下幾個步驟：
確定收入項目。綜合所得包括工資、薪金所得、勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得等。
確定可扣除項目。可扣除項目包括社會保險費、住房公積金、基本醫療保險費、商業健康保險費、教育支出、贍養老人支出等。
計算納稅所得額。將收入項目減去可扣除項目，得到納稅所得額。
計算應納稅額。年度綜合所得應納稅額=（年度工資薪金收入額+年度勞務報酬收入額+年度稿酬收入額+年度特許權使用費收入額-減除費用-專項扣除-專項附加扣除-依法確定的其他扣除）×適用稅率-速算扣除數。
辦理年度彙算。居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理彙算清繳的，應當在取得所得的次年三月一日至六月三十日內辦理彙算清繳。