當被告人翻供時，法院會根據具體情況採取不同的措施。以下是被告人翻供時可能發生的情況：
自首和坦白：如果被告人之前已經自首或坦白，翻供後將不再認定這些法定從輕處罰的條件。
審理程序變更：在共同犯罪中，如果部分被告人翻供，審理程序可能會從簡易程序更換爲普通程序。
證據審查：翻供可能會影響法院對證據的審查。如果偵查機關的證據非常完善，被告人翻供可能只會給自己帶來不利後果。
查明翻供原因和內容：需要查明翻供的真實原因，比如是否因爲刑訊逼供、記憶不清或誤解政策。同時，要審查翻供的內容是否與其他證據一致，以判斷翻供的真僞。
同案人質證：適時傳喚同案人到庭質證，以發現矛盾並打消被告人翻供。
法律依據是《刑法》第六十七條，該法條規定了自首和坦白的情節及其相應的處罰減輕情況。