自激活原理涉及到轉錄因子GAL4的結合結構域（BD）與上游激活序列（UAS）的相互作用。在正常情況下，BD可以與UAS結合，但不會引起轉錄。然而，如果存在某些蛋白具有激活或轉錄功能，即使沒有特異的激活結構域（AD），這些蛋白也能引起下游報告基因的表達，這種現象稱為自激活。自激活可能導致假陽性結果，尤其是在酵母雙雜交系統中，當誘餌蛋白（BD-bait）構建在BD載體上時。此外，酵母細胞中可能存在具有轉錄激活活性的內源蛋白，這些蛋白可能與誘餌蛋白相互作用，進一步導致假陽性，儘管這種情況較為少見。
自激活現象也可以用來驗證轉錄因子是否具有轉錄激活活性。如果BD-bait構建的是轉錄激活蛋白，它還可以用來驗證某個轉錄因子是否具有轉錄抑制活性。為了抑制自激活，可以通過抑制報告基因的表達來進行。如果報告基因的表達無法被抑制，可以考慮對誘餌蛋白進行截短，但這可能會影響蛋白間的相互作用。
綜上所述，自激活原理描述了在沒有AD的情況下，某些蛋白如何通過與UAS的結合激活轉錄的現象，以及如何利用這一現象來研究轉錄因子的活性。