自耦變壓器的接線方式主要取決於所需的套用場景，以下是幾種常見的接線方法：
正向接線。將自耦變壓器的高壓側與電源相連，低壓側與負載相連，適用於需要降壓的場合，輸出電壓等於輸入電壓減去線圈的一部分電壓。
反向接線。將自耦變壓器的低壓側與電源相連，高壓側與負載相連，適用於需要升壓的場合，輸出電壓等於輸入電壓加上線圈的一部分電壓，需要注意的是，反向接線存在電壓倍增的風險，因此需要嚴格的安全措施。
串聯法。適用於增加輸出電壓，直接連線來增加變比。
並聯法。適用於降低輸出電壓，通過連線電抗器來降低變比。
直接連線方式。高壓繞組與低壓繞組直接接在一起，適用於降壓比較大的情況。
自校正式連線方式。通過增加兩個繞組形成兩個磁通方向相反的互感器，達到自我校正的效果。
此外，自耦變壓器還有公共端接地法和自耦中心點接地法等接線方式，適用於三相自耦變壓器。