自製紅曲粉可以通過不同的方法進行製作，包括使用紅曲米進行發酵和乾燥處理，或者通過特定的配方和步驟在實驗室或工業環境中製備功能性紅曲粉。以下是兩種製作紅曲粉的方法：
使用紅曲米製作。首先清洗紅曲米，然後將其炒乾以去除多餘的水分，接著將炒好的紅曲米磨成粉末，冷卻後即可得到紅曲粉。
功能性紅曲粉的製備。首先對製備設備進行清洗、消毒和烘乾處理，然後按比例將葡萄糖、玉米漿、甘油、米粉、牛肉膏、蛋白腖、硝酸鈉、磷酸二氫鉀和糖蜜混合製備培養基，同時加入等比例的紅曲菌和乳酸菌，調整pH值至4~5，進行滅菌和無菌接種，在35~40℃、100~120rpm的條件下保持50~60小時，得到一級種子液。接著，將一級種子液按8%~10%的接種量接種至種子培養基中，在相同的條件下保持20~24小時，得到二級種子液。最後，將二級種子液按8%~10%接種至固態發酵培養基中，進行固態發酵，第一階段控制溫度在30~32℃，培養2~3天，第二階段降溫至22~25℃，靜止發酵至結束。發酵後的紅曲菌經過乾燥和快速烘乾後篩選得到功能性紅曲粉。