臭豆腐的黑色主要來源於其製作過程中的滷水。滷水是由多種原料，如竹筍、香菇、豆豉等，經過高溫蒸煮後，加入白酒進行自然發酵而成。這個過程中，香菇和豆豉發酵後流出的黑色汁液會將豆腐染黑。此外，有些臭豆腐在製作過程中會使用添加了莧菜、香菇根等發酵而成的滷水進行反覆滷製，這也是臭豆腐變黑的原因之一。
需要注意的是，如果臭豆腐存放時間過長或存放環境不佳，容易導致變質，這時臭豆腐可能會出現發霉、腐爛、顏色改變、嚴重腐臭味等情況，這些變質的臭豆腐中可能存在病原微生物，如黃麴黴毒素等有害物質，對人體健康造成危害。
總的來說，臭豆腐的黑色是其製作過程中的正常現象，而且臭豆腐在滷水浸泡發酵過程中，蛋白質被分解還會產生多種人體必需的胺基酸，是一種營養豐富的植物蛋白食品。但是，消費者在食用時應注意辨別臭豆腐是否新鮮，避免食用變質的臭豆腐。