舍利子的形成是一個複雜的過程，主要途徑有兩種：
經火化形成。將佛陀或高僧的遺骸火化後，將骨灰研磨成粉末並加工製作成舍利子。這種舍利子因經過人工處理，其顏色較為均勻，形狀也相對規則。
自然風化形成。遺骸在自然環境中經過長時間的風化、腐爛等自然作用，最終形成的結晶體。這種舍利子因經過自然作用，其顏色和形狀具有較大的差異性。
舍利子的形成還可能與人體內的礦物質沉積有關。長期素食的僧人攝入大量纖維素和礦物質，這些物質在人體內新陳代謝時，可能形成磷酸鹽、碳酸鹽等，最終以結晶體的形式沉積於體內。
此外，人體骨骼在火化過程中也可能發生重結晶現象，形成舍利子。不同顏色的舍利子可能由人身體的不同部位經過高溫產生，例如頭髮產生的黑舍利子，骨骼產生的白舍利子，肌肉產生的紅舍利子，大腦產生的琥珀舍利子。
科學界對於舍利子的具體成分和形成過程仍有爭議。一些研究表明，舍利子的形成可能與人體骨骼的化學成分和火化過程中的物理變化有關。