舟楫署是中國古代的一個官署，其職能主要是掌管全國的公私舟船及漕運事務。該機構在隋煬帝大業三年（607年）設立，隸屬於都水監。到了唐太宗貞觀六年（632年），舟楫署繼續存在，並設有令一人，負責掌管舟楫和漕運。到了唐高宗上元二年（675年），舟楫署增設了丞二人，主要負責運漕隱失的管理。
在隋唐時期，舟楫署的官員結構包括令一人、丞二人、府三人、史四人、監漕四人、漕史二人、典事三人、掌固三人。其中，舟楫令為正八品下，而舟楫丞為正九品下。當時，洛陽有多個重要的糧倉，如回洛倉和含嘉倉，東南及東北各州沿大運河向朝廷轉運漕糧，都需要經過舟楫署的管理。舟楫署的職責包括理清漕運過程中的隱失，並監督漕運工作。
到了唐玄宗開元二十六年（738年），舟楫署被罷除。儘管如此，宋朝初期，舟楫署的空名仍然存在，但到了宋神宗元豐年間（1078-1085年）的改制中，舟楫署被廢除。