芒果上出現黑斑的原因通常有幾種，包括：
芒果褐變。芒果果皮含有多酚氧化酶類，當芒果在運輸過程中受到擠壓或在儲存時經歷了冷凍，細胞可能會破損，導致細胞內的酚類物質被氧化成褐色的醌類物質，從而在果皮上形成黑色的斑點。這種情況通常不影響芒果的食用，只是在視覺上不受歡迎。
黑斑病。這是一種細菌性病害，也可能使芒果出現黑斑，這些黑斑可能出現在芒果的枝條、樹葉、果柄及果實上，初期呈水漬狀，後轉黑色並隆起，呈星狀開裂。如果病害發生在芒果採摘前，主要影響賣相而果肉通常不受影響。
物理損傷。在採摘、運輸或儲存過程中，芒果如果受到擠壓或碰撞，也可能導致細胞破損，進而出現氧化變黑的現象。如果果肉沒有受到影響，這種芒果通常是可以食用的。
為了確保全全，如果芒果表皮上的黑斑面積較大或果肉已經出現腐爛、變質的現象，應避免食用。因為這可能意味著營養成分已經大量流失，細菌可能已經開始滋生，食用這樣的芒果可能會引起腸胃不適甚至食物中毒。