清洗花甲的方法有多種，以下是幾種常用的方法：
鹽水浸泡法。將花甲放在盆中，用細小的流水沖洗幾遍，然後倒入適量的食鹽和香油，攪動一會後靜置兩小時左右，利用鹽水模仿花甲生長的環境有助於花甲快速張口，而加香油可以隔絕空氣與水，失去氧氣的花甲會加快呼吸，從而快速吐出沙子。
搖晃法。將清洗乾淨的花甲放入裝有清水的盆中，沒過花甲即可，然後加入幾勺食鹽，攪拌使鹽融合，用另一個容器將花甲蓋住，快速來回搖晃裝有花甲的容器，大力的搖晃會使花甲出現眩暈的狀態，接著花甲會瘋狂吐沙，多重複幾次，再用流水將花甲清洗乾淨即可。
白醋清洗法。將去完泥土的花甲放入盆中，換上乾淨的清水，倒入適量的白醋後攪拌幾下，靜置一到兩小時後換盆清水，用手搓洗花甲，花甲在這種酸性物質的水中無法適應而感到呼吸困難，這時便會快速吐出沙子，最後用細小的流水沖洗乾淨，撈出後控乾水分就可以了。
高溫沖洗法。用鹽水將花甲表面的泥沙沖洗乾淨，然後將花甲倒入燒開的熱水鍋中，利用高溫將花甲殼打開，再將全部開口的花甲撈出用涼水沖洗，這時開口的花甲便能很好的清洗掉裡面的沙子了。
流動清水法。利用流動的清水模擬花甲生存的環境，讓花甲適應呼吸慢慢吐沙，從而將花甲清理乾淨。
冷凍清洗法。先將花甲表面都清洗乾淨，然後放到冰櫃中一個小時左右，放到保鮮的就行，時間到後取出花甲，可以發現花甲都張開殼吐沙子了，最後用清水清洗乾淨就可以了。
以上方法可以根據個人情況和喜好選擇使用。