選擇花膠時，應考慮以下幾個方面：
品種。頂級花膠品種包括白花膠、黃花膠、鰵魚膠和門鱔膠。市面上較爲罕見的是正宗的黃花膠和白花膠。鰵魚膠又分爲金錢肚、蜘蛛肚、鰵魚白花膠、大耳、台山、紅雞、赤嘴等檔次。
大小和厚薄。同一種類的花膠，個頭越大、膠身越厚，質量通常越好，因爲“十斤魚一兩膠”，意味着製作較大的花膠需要更重的魚。
乾溼度。花膠越幹越好。選擇花膠時，可以透過燈光觀察，半透明的花膠通常質量較好。溼度大的花膠顏色灰暗無光澤，可能發生黴變，應避免選擇。
公母選擇。花膠分爲公膠和母膠。公花膠形似馬鞍，質地結實、厚身、幹淡、呈金黃色，母花膠則略圓平展，質較薄。公花膠通常比母花膠好。
顏色。優質花膠顏色較深，代表較陳舊。陳年花膠的膠質濃度減少，更易於人體吸收，通常比新膠好。
氣味。優質花膠無腥味和臭味。燉煮後也應無腥味，且口感爽口、滑身。
產地和污染程度。雖然難以考證花膠取出時的水域污染情況，但產地水域的質量對其品質仍有影響。
此外，可通過泡發步驟來判斷花膠的質量，如泡發後水的清澈度、花膠的質地和湯水情況等。