芽孢菌種類主要包括以下幾個屬：
芽孢桿菌屬。這是一個包含多種芽孢菌的屬，例如解澱粉芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、地衣芽孢桿菌、短小芽孢桿菌等。這些物種在農業、畜牧業和生物技術領域有廣泛的套用。
梭狀芽孢桿菌屬。這個屬的細菌在結構上與芽孢桿菌屬有所不同，它們通常呈梭形或鼓形，芽孢位於菌體中間。
芽孢乳酸菌屬。這個屬的細菌以其產生芽孢的能力而聞名。
此外，還有其他一些屬也包含芽孢菌種，如膠質芽孢桿菌和側齙芽孢桿菌等。這些細菌在土壤改良、生物肥料生產、植物病害控制和農業可持續發展等方面發揮著重要作用。