苗匠煤礦事故的原因主要包括以下幾點：
非法組織生產：在停產整頓期間，苗匠煤礦的投資人潘完旦、王建軍、宋天爐等人擅自組織生產。
違法越層開採：他們擅自決定越層開採9號煤層，造成了煤炭資源的破壞，總價值達到869.44萬元。
違章作業：
越層開採的9號煤層採用獨眼井生產，沒有形成礦井通風系統，導致局部瓦斯積聚達到燃爆濃度。
礦難發生當天，瓦斯監控員潘會剛脫崗飲酒，未履行工作職責，安全管理混亂。
安全管理不到位：礦難發生當天，瓦斯監控員潘會剛脫崗飲酒，未履行工作職責，說明該礦安全管理混亂。
事故隱瞞情況：礦難發生後，潘、王、宋三人決定對該起事故隱瞞不報，並安排有關人員封鎖訊息，將遇難礦工家屬集中到河南省焦作市私下協商賠償事宜。
以上因素共同導致了苗匠煤礦的瓦斯爆炸事故。