苦瓜苗嫁接的過程主要包括以下幾個步驟：
準備砧木和接穗。選擇適宜的砧木和接穗品種，如雲南黑籽南瓜或本地磨盤南瓜作為砧木，接穗則選擇本地主栽品種。砧木和接穗都需要經過浸種處理，通常用75%甲基托布津800倍液浸種12小時，再用清水浸16小時，然後晾乾並埋在沙中保溫催芽。
播種。砧木採用營養缽育苗，接穗採用淨土育苗，以防止土傳病害感染。營養土需進行消毒處理，可使用五氯硝基苯消毒。將催好芽的苦瓜籽點播於營養土內，並覆土。
嫁接時機。嫁接通常在砧木播種後17到20天進行，此時子葉離地面5到6厘米，直徑約為2.0到2.5毫米。
嫁接方法。常用的嫁接方法包括斜接法和劈接法。以斜接為例，先在砧木子葉下方垂直面0.5～0.6厘米處下方30°切入2/3，深0.3～0.4厘米；再選取健壯接穗，在子葉下方大側面1厘米處向上30°切入2/3，深0.3～0.4厘米。兩個切口對齊接上，使用嫁接夾固定。
嫁接後管理。嫁接後9到10天是傷口癒合期，溫度控制在25到30攝氏度，夜間保持在20℃左右；濕度保持在95%以上。營養缽緊密排放於大棚內並澆一次水，用小拱棚、塑膠薄膜和遮陽網密閉保溫遮光。前5～6天不通風，7天後開始逐漸增加通風量和時間，但仍要保持較高的空氣濕度。嫁接後需遮光，3～4天內完全遮光，以後逐漸在早晚揭開遮蓋物，隨著傷口癒合逐漸去掉覆蓋物。
剔除未成活的苗。將未成活的嫁接苗剝除，假成活苗一時不易區別，可放在條件較好的位置，過一段時間生長緩慢的苗會逐漸趕上大苗，剔除假成活苗。