草神瞳在沙漠的全位置包括但不限於以下幾個地點：
南方遺蹟：共有3個草神瞳，位置包括在遺蹟前的殘垣中、擊碎巨石後的洞窟盡頭以及綠洲的樹上。
捨身陷坑：共有6個草神瞳，位置分布在捨身陷坑出口的遺蹟上方、雕像的頭部、西側遺蹟前的殘垣中以及東側遺蹟的入口處。
活力之家：共有3個草神瞳，位置包括在遺蹟前的殘垣中、擊碎巨石後的洞窟盡頭以及綠洲的樹上。
秘儀聖殿：共有4個草神瞳，位置在捨身陷坑出口的遺蹟上方、雕像的頭部、西側遺蹟前的殘垣中以及東側遺蹟的入口處。
赤王陵東邊：共有4個草神瞳，位置包括遺蹟南部的船上、遺蹟北部的通道中。
沙漠北部：共有6個草神瞳，位置標記為草種子，用於擊破巨石。
愚妄行宮：共有5個草神瞳，位置標記為草種子，用於擊破巨石。
五綠洲的孑遺：共有5個草神瞳。
鑌鐵沙丘：共有4個草神瞳，位置標記為前往下層的洞口。
亡者狹廊：共有4個草神瞳，位置在完成[已逝去的末日]後才能進入。
此外，還有一些特殊位置的草神瞳，例如在沒有頭的石像附近、大沙漩中間、樹上、風蝕沙蟲所在位置的上空以及啁哳之沙地下等。這些位置可能需要完成特定的任務或者利用特定的道具才能獲取草神瞳。