草缸爆藻通常是由於多種因素導致的，包括水質問題、光照、溫度、營養過剩等。其中，水質是關鍵因素，定期換水可以防止藻類的爆發，新設立的水缸在前一個月內尤其需要注意水質的穩定。
在草缸中，常見的藻類有綠藻、綠斑藻、褐藻等，這些低級藻類通常可以通過部分換水和補充鉀肥及微量元素來控制。如果草缸中出現鹿角藻或黑毛藻等高級藻類，這通常意味著水質存在問題，需要仔細檢查並採取措施，如手動剪除有藻的葉子，停止使用二氧化碳（CO2），並使用安全的除藻劑。
此外，草缸中的過度餵食、長時間不換水、水溫過高、光照過強以及水中營養鹽過多也是導致藻類爆發的原因。為了預防和控制藻類的生長，可以引入一些工具生物，如黑線飛狐、小精靈、黑殼蝦、蘋果螺等。在發現藻類問題時，應及時處理，包括減少餵食、降低光照強度、定期換水等措施。如果藻類問題嚴重，可能需要使用專門的除藻劑，如戊二醛，但使用時要注意對水生生物的影響。