莊子的寓言故事的主旨是表達自由、本真、無為、自然的思想，同時也揭示了事物矛盾的對立和轉化，以及世俗倫理道德的局限性。這些故事通常以動物寓言的形式，旨在闡述莊子的哲學思想，同時也包含著對世俗社會的批判和反思。通過這些寓言故事，莊子試圖傳達出一種追求自由、順應自然、無為而治、返璞歸真的人生觀和價值觀。
莊子的寓言故事被認為是中國文學史上最具代表性的一種文學形式，對於後世的文學創作產生了深遠的影響。同時，這些故事也是研究莊子思想的重要載體，為我們了解莊子的哲學觀和人生觀提供了寶貴的資料。
莊子所追求的是一種理想的人生境界，他認為真正的自由應該是擺脫了外在束縛和限制的自由，是內心深處的本真和自然。他強調順應自然、無為而治，反對過於人為的干預和強制，主張以柔性的方式來處理人際關係和社會問題。這種思想對於當時以及後世的社會倫理道德、政治哲學等方面都產生了重要的影響。