菌渣是指菌類發酵後剩餘的固體物質，其成分非常豐富，主要包括蛋白質、碳水化合物、脂肪、維生素、礦物質等。食用菌菌渣的主要成分及其含量與培養料相關，不同地區、不同栽培的品種及不同食用菌栽培原料各有所差異。例如，棉籽殼菌渣中含有粗蛋白13.16%、粗脂肪4.20%、粗纖維31.56%、灰分10.89%。蘑菇渣中除了含有大量的菌絲體、蛋白質外，還含有鐵、鈣、鋅、鎂等微量元素。藥廠菌渣的主要成分包括蛋白質、纖維素、澱粉質、脂肪等，其中蛋白質含量較高，約為15%-20%。
菌渣的成分還包括有機質、微生物體和無機鹽等物質。在食用菌採收之後，有大量的菌絲體和有益菌留在了菌棒上，並且在菌絲生長過程中通過酶解作用產生了多種糖類、有機酸類、酶和生物活性物質。