菌落PCR（Colony PCR）的主要目的是直接以單個菌落作為模板，通過PCR擴增來快速鑑定菌落是否含有目的基因。這種方法省去了提取目的基因DNA和酶切鑑定的步驟，通過使用載體上的通用引物來篩選陽性克隆，或者進行DNA測序分析。在操作過程中，使用高壓滅菌的牙籤或槍頭挑取單個菌落，在抗性平板上點單克隆保存後，將其置於Triton-x100或去離子水中攪和，然後在100°C下煮2分鐘以釋放DNA。之後，取1ul上清為模板，加入PCR體系進行PCR反應，並通過瓊脂糖凝膠電泳觀察結果，從而判斷菌落是否為含有目的基因的陽性菌落。