菜椒發苦的原因主要有以下幾點：
烹飪前的處理不當：
菜椒內含有多種維生素，對人體健康有益。但是，如果菜椒太嫩或未去除內部的白色囊狀組織，可能會導致菜椒發苦。這種情況通常沒有毒，可以通過在烹飪過程中加入食鹽並烹至全熟來去除一定的苦味。
在烹飪過程中，如果菜椒燒糊了，也會發苦。這種情況雖然沒有毒，但還是應當少吃燒糊的飯菜。
土壤環境問題：
辣椒種植的土壤出現問題可能導致菜椒發苦。辣椒適合種植在適合的中性與偏酸性土壤上，通氣、排水性好、腐殖質豐富的土壤可以保證辣椒的產量和質量。然而，由於化肥、農藥的使用，土壤中的酸化程度加重，導致土壤鹽漬化嚴重，這些問題導致辣椒土壤環境變化惡劣，長勢受到影響，降低了辣椒的產量和質量。
變質問題：
菜椒變質後，變質部位可能會繁衍出許多細菌，還可能會含有黃麴黴毒素，烹炒過後也會出現苦味。這種情況的菜椒有毒，可能會引發急性肝炎、肝硬化、發育遲緩等。
綜上所述，菜椒發苦的原因可能包括烹飪前的處理不當、土壤環境問題以及變質問題。為了避免食用發苦的菜椒，建議在烹飪前徹底清洗並去除內部的種籽和白色囊狀組織，同時注意菜椒的新鮮度和土壤環境的改善。