清洗菩提子的方法有多種，這裡提供幾種常用的清洗方法：
溫水浸泡法。將菩提子放入溫水中浸泡約30分鐘，然後用軟毛刷輕輕刷洗表面，用清水沖洗乾淨。注意不要用過熱的水，以免損壞菩提子的質地。
檸檬汁清洗法。將檸檬切成小塊，加入清水和鹽，攪拌均勻後用軟毛刷蘸取檸檬汁輕輕擦拭菩提子表面，然後用清水沖洗乾淨。
白醋清洗法。將白醋倒入碗中，加入清水稀釋成淡醋水，將菩提子浸泡約30分鐘，再用軟毛刷輕輕刷洗，用清水沖洗乾淨。
超音波清洗法。使用超音波清洗機，將菩提子放入清洗籃中，加入適量水，啟動清洗機運行5~10分鐘，清洗後用清水沖洗乾淨，用毛巾擦乾。
在清洗過程中，注意要輕柔，避免用力過大損傷菩提子；清洗後應避免立即暴露於陽光下或進行盤玩，而是應該讓菩提子自然陰乾；對於特別髒的菩提子，可以使用棕刷或牙刷蘸少量橄欖油或嬰兒油輕輕擦拭，但需確保油分被充分吸收或擦乾，以免留下油漬。