萬壽菊常見的病害包括：
鏈格孢屬葉斑病。影響葉片、花、莖，導致葉片枯死。
斑枯病。由真菌引起，高溫多雨天氣易發，導致葉片斑點擴大、變黃、乾枯。
立枯病。主要發生在育苗期，導致莖基部病斑、幼苗死亡。
白粉病。影響葉、莖、枝和花蕾，導致葉片枯萎、不開花。
黑斑病。侵害葉片、葉柄和嫩梢，初期出現紫褐色至褐色小點。
灰黴病。影響葉面和花朵，出現灰白色黴層。
炭疽病。由真菌引起，影響根系和葉片，葉面出現黃色小斑點。
根腐病。由土壤中的真菌引起，導致根部腐爛、變黑。
瘡痂病。由細菌感染引起，導致表皮產生黃色或白色水泡和潰瘍。
此外，還有其他病害，如紅蜘蛛引起的葉片黃化、蜘蛛網狀斑點，以及蚜蟲、蠐螬、螻蛄等蟲害。