蔥爛根的原因有多種，主要包括以下幾點：
水分過多。蔥雖然較耐旱，但對水分需求中等。在長時間降雨或過多澆水導致土層積水時，蔥的根系會因呼吸困難而腐爛。
土壤問題。蔥適宜生長在肥沃、疏鬆、排水良好的沙質壤土中。土壤板結或粘重會影響蔥的正常生長，導致爛根。
施肥不當。蔥對肥料要求不高，但過多施肥會導致營養過剩，從而燒傷根系，引起根系腐爛。
溫度影響。蔥雖耐寒，但在極端低溫或高溫條件下，根系也會腐爛。
重茬連作。連續多年在同一地塊種植蔥，會增加土壤中病原菌數量，導致根腐死棵。
地下害蟲。地下害蟲的危害會導致根系受損，傷口感染，引起爛根。
病害影響。如根腐病、軟腐病等病害會引起蔥根腐爛。
此外，田間操作不當如移栽或培土時損傷根系，也會引發爛根。